박종원교수는 강릉출신으로, 연세대학교 성악과 졸업 후 도미하여 Cleveland Institute of Music에서 성악 연주 석사를, Cleveland State University에서 합창지휘 석사를, 그리고 Michigan State University에서 합창지휘 박사 학위를 취득하였다. 수학 중 Robert Shaw Festival Choir의 유급 멤버로 유럽 및 뉴욕 카네기홀 등에서 여러 차례 연주하였다.

미국 Auburn University 교수로 재직하였고, 1995년 모교인 연세대학교 교회음악과 교수(과장 역임)로 부임하여 격조 높은 합창 음악 보급과 후진 양성, 그리고 한국 교회 음악의 발전에 많은 힘을 기울였다.

서울시립합창단, 서울레이디스싱어즈, 천안시립합창단, 제주 콘서트 콰이어 등을 객원 지휘하였으며, 1998년에는 연세대학교 콘서트 콰이어 출신 멤버들로 구성된 여성 합창단 JW CHORALE을 창단하여 수 차례 정기 연주회를 열었다. 당시 JW CHORALE은 일본-미국 순회 연주와 음반 제작 활동으로 "천사들의 합창"이라는 호평을 받았다.

2001년 미국 인디애나 대학(IPFW)의 교수로 초빙되어 다시 미국으로 이주하였다. 2003년부터 2022년까지 University of Wisconsin(UWRF) 합창지휘과 과장(종신교수)으로 재직하며 합창과 성악레슨, 음성학(Vocal Pedagogy), 합창지휘법 등을 가르쳤다. 2022년 서울시 합창단 단장으로 부임하면서 현재는 명예교수로 있다. 박 교수의 지휘 아래 위스칸신 대학(UWRF)의 Concert Choir는 MENC, WCDA, ACDA등의 콘퍼런스에 여러 차례 초청되어 연주하였으며, "섬세하며 아름다운 합창과 감동을 연출하는 합창단"으로 널리 알려져 있다.

미국 내에서 성악 및 합창 전문가(Clinician)로 활약하며 ACDA, WCDA, MENC 등의 콘퍼런스에서 여러 차례 특강을 하였고, Singing Wisconsin, Lake Land Conference Honor Choir, St. Croix Valley Honor Choir, WCDA Honor Choir, USCVMA Honor Choir, Hiawatha Honor Choir 등에서 객원 지휘하였다. 특히 "Tai Chi Breathing into Choral Warm-ups"라는 제목으로 ACDA 콘퍼런스에서 강의한 내용은 미국 합창지휘계의 유일한 저널인 <ACDA Journal> 2009년 2월호에 게재되었다.

한편, 박교수는 "Music Belongs to Everyone!" 의 신념으로, 더 많은 이들에게 합창의 기쁨을 전하기 위하여 2010년부터 매해 여름 서울에서JW Festival Chorale In Seoul을 지휘하고 있으며, 뉴욕에서는 JW Chorale in New York을 지휘하고 있다.

현재 미국 성악교수협회(NATS) 정회원, 미국 합창지휘자협회(ACDA) 회원, 미국음악교육협회(MENC)의 정회원으로 있다. 천안시립합창단 예술감독 겸 상임지휘자를 역임한 후, 서울시합창단 단장 겸 상임 지휘자를 역임하였다.